Fortschritte in der DNA-Sequenzierung und die riesigen Mengen an Genomdaten, die durch die Next-Generation-Sequencing-Technologie (NGS) erzeugt werden, haben eine Start-up-Möglichkeit geschaffen, Software für Biologen zu entwickeln, damit diese diese großen Datenmengen einfacher analysieren und den nächsten Sprung wagen können. Es könnte bei der Entwicklung neuer Impfstoffe, Krebsbehandlungen usw. hilfreich sein.
In den letzten vier Jahren MiLaboratoriesein in San Francisco ansässiges Startup mit einer Forschungs- und Entwicklungseinrichtung in Bilbao, Spanien, hat eine Plattform für computergestützte Biologie aufgebaut, um Biologen die Verarbeitung, Analyse und Aggregation ihrer Daten zu erleichtern. Es umfasst Funktionen wie Datenvisualisierung und generative KI, um die Benutzerfreundlichkeit zu verbessern.
Die Plattform ist auch als Marktplatz für andere Wissenschaftler konzipiert, damit diese speziellere Berechnungstools in Form von Apps vertreiben können, um den Nutzen für die Genomforschungsgemeinschaft weiter zu erweitern. MiLaboratories richten sich an Wissenschaftler, deren Fähigkeiten Biologie, Informatik und Mathematik umfassen – sogenannte Bioinformatiker.
„Für Biologen handelt es sich um einen ‚No-Code‘-Ansatz Und Wir veröffentlichen auch ein (Open-Source-)SDK – Software Development Kit – das es Bioinformatikern ermöglicht, echte Anwendungen zu erstellen“, sagt CEO Stan Poslavsky gegenüber TechCrunch.
„Während meiner wissenschaftlichen Karriere und der unserer Gründer haben wir eine enorme Ineffizienz gesehen. . . wie moderne Therapien, wie moderne Medikamente entwickelt werden“, erklärt er. „Aufgrund dieser Reibung zwischen den Daten – den Big Data, die von den Biologen generiert werden, den Sequenzierungsdaten – und der Datenanalyse, die ihnen nicht zur Verfügung steht.“
Zwar gibt es „Tausende“ von Softwareprogrammen und Tools, mit denen NGS-Daten analysiert werden können, doch die meisten seien seiner Meinung nach im akademischen Bereich entwickelt worden, wo der Schwerpunkt eher auf dem Nutzen als auf der Benutzerfreundlichkeit liege.
Außerdem besteht ein Bedarf für Biologen, Ergebnisse aus mehreren Analysen zu aggregieren und zu integrieren, sagt er. „In einem einheitlichen Bild, damit Sie verstehen, was vor sich geht. Und hier hilft unsere Plattform enorm“, schlägt er vor.
Das Startup hofft, dass seine Plattform Bioinformatiker von der lästigen Arbeit der Genomdatenverarbeitung entlasten wird, damit diese multidisziplinären Wissenschaftler ihre Fähigkeiten auf komplexere Aufgaben der Entwicklung von Algorithmen anwenden können, die zur Weiterentwicklung der Spitzenwissenschaft beitragen könnten.
„Bioinformatiker verbringen tatsächlich viel Zeit damit, die Software für Biologen laufen zu lassen“, sagt Poslavsky. „Um diese Daten zu verarbeiten, müssen Sie über Linux-Rechner verfügen, über SSH gehen und komplizierte Softwaretools ausführen, um die Analyse durchzuführen und Erkenntnisse aus den Daten zu gewinnen.“
„(Ein Arzt) hat keine Fähigkeiten, dies unter Linux, auf einem HPC-Cluster (High Performance Computing) zu tun, weil er andere Dinge zu tun hat.“ Und genau das tun die meisten Bioinformatiker in Unternehmen und Hochschulen, nämlich nur diese monatliche Aufgabe, die Tools zu betreiben.“
Am Donnerstag hat MiLaboratories sein SDK offiziell enthüllt. Platforma.biomit dem Drittentwickler Apps beisteuern können – obwohl es sich bereits seit mehreren Jahren im Alpha- und Betatest befindet. (Poslavsky sagt, dass bisher „rund 300 Labore“ die Betaversion genutzt haben und „rund 20“ Apps über die Plattform verfügbar gemacht wurden.)
„Die ersten Anwendungen, die auf der Plattform verfügbar sind, basieren auf unseren biologischen und bioinformatischen Anwendungen, die sich großer Beliebtheit erfreuen.“ . . (mit) Unternehmen und Personen, die an der Entwicklung von Immuntherapien beteiligt sind. Aber das haben wir schon. . . eine gute Auswahl an Kooperationen und Menschen, die bereit sind, ihre Anwendungen auf die Plattform zu bringen, sowohl aus der Wissenschaft als auch aus der Industrie“, fügt er hinzu.
Das 2021 gegründete Startup kündigt außerdem eine Serie-A-Finanzierungsrunde in Höhe von 10 Millionen US-Dollar an, um die Entwicklung fortzusetzen, wobei der Schwerpunkt auf Investitionen in den Community-Aufbau liegt.
„Der Hauptgrund für die Geldbeschaffung besteht einfach darin, mehr Hände in die Entwicklung unserer Plattform zu stecken. Wir stellen mehr Ingenieure ein. Wir stellen sogenannte Entwicklerbefürworter ein, die die Technologie vor allem in der akademischen Gemeinschaft verbreiten, da die meiste Bioinformatik-Software in der akademischen Welt entwickelt wird.“
„Für das kommende Jahr werden wir uns auf die Verbreitung der Technologie in der Community konzentrieren und die Community dazu einbeziehen, ihre Apps zu entwickeln, ihre bestehende Software zu verpacken und sie über die Plattform bereitzustellen“, fügt er hinzu.
Die Serie A von MiLaboratories wird von Kfund mit Sitz in Madrid geleitet, mit Beteiligung von Acrobator Ventures, EGB Capital, Courtyard Ventures, Somersault Ventures, Speedinvest und Ten13.
In einer Erklärung sagte Miguel Arias, General Partner von Kfund: „In Plattformen zu investieren, die die Lücke zwischen Entwicklern (in diesem Fall Bioinformatikern) und Geschäftsanwendern (in diesem Fall Biologen) schließen, ist der Kern dessen, was wir tun wollen.“ in unserem Fonds. Es liegt ein enormes Potenzial in der Demokratisierung des Zugangs zu komplexen Daten, die die Bereitstellung immunologischer Erkenntnisse ermöglichen.“
MiLaboratories bietet seine Software Akademikern kostenlos an, erzielt aber auch Einnahmen über ein kostenpflichtiges Modell für kommerzielle Nutzer. Laut Poslavsky nähert sich das Startup derzeit der 100 zahlenden Kundenzahl.
„Viele der großen Pharmaunternehmen – wie Moderna, Bristol-Myers Squibb – sind unsere Kunden“, stellt er fest und fügt hinzu: „Wir haben Einnahmen – gute Einnahmen –, die es uns ermöglichen, nicht so abhängig von Risikokapital zu sein.“
Anfang 2022 sammelte das Startup eine Seed-Runde in Höhe von 2,5 Millionen US-Dollar. Es hat zuvor auch einen kleinen Vorsamen von einigen Engeln aufgenommen.
Poslavsky geht auf die Herausforderungen bei der Entwicklung der Computational-Biology-Plattform ein und sagt, dass die enorme Datenmenge, die von NGS generiert wird, dazu geführt habe, dass Startups sehr sorgfältig auf die Gewährleistung der Verarbeitungseffizienz achten mussten, um „verrückte Kosten“ zu vermeiden.
„Die im Weltraum erzeugten Datenmengen sind tatsächlich verrückt“, betont er. „Große Pharmaunternehmen, unsere Kunden. . . Bisher wurden Petabytes an genetischen Daten generiert. Das ist also ein riesiges Ausmaß.“
MiLaboratories hat eine „sehr ausgefeilte“ und „mathematisch bewährte“ Technologie entwickelt, die Poslavsky als „sehr ausgereifte“ und „mathematisch bewährte“ bezeichnet und die es ermöglicht, viele Arten von Berechnungen auf „sehr optimierte Weise“ durchzuführen. Er schlägt vor, dass diese Technologie – die sie patentiert hat – es der Plattform ermöglicht, im Vergleich zu einigen anderen Arten von Computer-Workflows eine zehnfache Effizienz zu erreichen.
„Das ist eine sehr wichtige Sache. Es bleibt den Augen des Biologen verborgen – denn der wertvolle Vorschlag für den Biologen lautet: „Ich möchte auf Schaltflächen klicken und Erkenntnisse gewinnen“ –, aber für die Geschäftsinhaber ist es sehr wichtig.“
Was den Wettbewerb angeht, nennt Poslavsky Seqera (und seine Nextflow-Software) als engster Konkurrent – in Bezug auf Beliebtheit und Wertversprechen. Es gibt auch Open-Source-Tools für die NGS-Verarbeitung, wie z Galaxisaber MiLaboratories geht davon aus, dass seine Plattform Forschern einen leichter zugänglichen Weg zu Dateneinblicken bietet.
